Die turbulenteste Zeit der bisherigen Firmengeschichte hatten Marianne und Franz Müller-Rischart zu bewältigen. Sie führten das Unternehmen durch die Wirren des Zweiten Weltkrieges, verfolgten hartnäckig den Wiederaufbau und bauten Rischart’s Backhaus zu einer der renommiertesten Münchner Bäckereien aus. Am 23. April 1940 heiratete Marianne Rischart Franz Müller, den ältesten Sohn und Chef der Großbäckerei Müller & Söhne, der für sie aus dem elterlichen Betrieb ausschied. Die junge Familie wurde sofort mit der Zerstörung des Zweiten Weltkrieges konfrontiert als das Stammhaus in der Fraunhoferstraße und das Haus am Marienplatz 1944 und 1945 Fliegerangriffen zum Opfer fielen.
In der Hans-Sachs-Straße 18 fand sich eine intakte Backstube und am Marienplatz wurde eine Behelfsbaracke errichtet, in denen das Geschäft weitergehen konnte. Direkt nach dem Krieg hatte der Wiederaufbau der Bäckerei in der Fraunhoferstraße Priorität. Aber schon bald konnte sich Franz Müller auch dem Aufbau des Hauses am Marienplatz widmen. Die 1950er-Jahre waren für die Bäckerei sehr erfolgreich: Im Jahr 1955 wurde das Café am Marienplatz eröffnet, das wegen der modernen Ausstattung und der geschmackvollen Angebote eine Münchner Besonderheit darstellte. 1958 – zum 75-jährigen Jubiläum – waren bereits mehr als 100 Personen bei Rischart beschäftigt.